Shakira inledde ett förhållande med den framgångsrika argentinska advokaten Antonio de la Rua under året 2000. Shakira uttalade sig om deras relation efter en fråga om huruvida det fanns planer på giftermål. Hon menade att deras förhållande var redan fungerade som ett äktenskap och att paret inte behövde gifta sig för att bevisa det. Tyvärr så tog detta förhållande slut efter 11 år tillsammans. Paret separerade under sommaren 2010 efter att både parter tillsammans hade kommit överens att förhållande inte längre hade samma glöd som det en gång haft. Shakira meddelade sina fans att separationen var en tillfällig lösning. Paret jobbade fortfarande tillsammans under denna period då de la Rua översåg Shakiras jobberbjudanden och ekonomi. Förhållandet gick dock snabbt utåt under denna period då de la Rua bestämde sig för att stämma Shakira på 100 miljoner amerikanska dollar efter att Shakira avslutat deras samarbete. Hans talan avslogs av Los Angeles County Superior Court under sommaren 2013.

I samband med Världsmästerskapen i fotboll 2010 i Sydafrika träffade Shakira den spanska fotbollsspelaren Gerard Pique under en inspelning av VM-låten Waka Waka. Waka Wakas musikvideo kan finnas på YouTube under Shakiras egna kanal och har idag 398 miljoner visningar. Pique kan ses i den första minuten av videon klädd i en tröja som säger ”This time for Africa”. Gerard Pique är en professionell idrottare för den spanska klubben F.C Barcelona och det spanska fotbollslandslaget. Efter många rykten om ett romantiskt förhållande mellan de två så bekräftade paret i början av 2011 att de var tillsammans i ett romantiskt förhållande. 2 år senare föddes parets första son i Barcelona där paret idag bor tillsammans.

Paret fick mycket kritik i media efter att Shakira gått ut och sagt att hennes make inte tillåter henne att producera och delta i musikvideor tillsammans med attraktiva män. Tusentals fans på sociala medier kommenterade och menade att Pique var alltför kontrollerande och att han höll henne ifrån mer framgång. Shakira gick ut i media och försvarade sin man, ”Det är mer än underförstått i vår relation att jag inte längre kan göra videor som jag brukade göra. Det är inte längre aktuellt, vilket jag gillar förresten. Jag gillar att han skyddar det han älskar och att han värdesätter mig… Det är lite humoristiskt, när jag kom med de kommentarerna så var det med glimten i ögat, ett skämt. Jag blev förvånad över att se att det togs så allvarligt i pressen och på sociala medier. Min make bestämmer inte vad jag ska och inte ska göra, vi diskuterar allt som ett par, vilket jag antar att de flesta i ett äktenskap gör. Vi har en väldigt speciell och fin relation och ett ömsesidigt förtroende för varandra.”