Jay Z har tillsammans med sin mor grundat välgörenheten The Shawn Carter Foundation. Denna välgörenhet hjälper elever med ekonomiska svårigheter och problem i hemmet att finansiera sina eftergymnasiala studier.

I augusti 2006 så träffade Jay Z FN:s generalsekreterare Kofi Annan vid organisationens huvudkontor i New York. Rapparen lovade under mötet att använda sin kommande turné för att bekämpa vattenbristen världen över. Denna insats skedde i partnerskap med både FN och musikkanalen MTV, som hjälpte till genom att dokumentera processen. Denna dokumentär sändes i början av 2007 och kan nu streamas under namnet Diary of Jay-Z: Water for Life.

2010 hjälpte Jay Z till igen genom att tillsammans med artisten Diddy donera en hel miljon amerikanska dollar till det amerikanska Röda Korsets räddningsinsatser efter den ökända orkanen Katrina. I samband med samma orkan så släppte Jay Z låten Minority Report där han utryckte sina åsikter om hur dåligt den dåvarande regeringen behandlat efterföljandet av katastrofen.

Jay Z har i ett flertal intervjuer tackat sin fru Beyonce för att ha inspirerat honom till att ge mer och hjälpa dem som är mindre lyckligt lottade i samhället. Paret har nu en välgörenhet tillsammans.